Cuando en julio de 1936 estalló la guerra civil, a raíz del levantamiento contra la República de un sector del ejército español, Joaquín Maurín se encontraba en Galicia. Hay que recordar que en aquellos momentos Maurin era el secretario general del POUM, que se había creado en septiembre de 1935 y había ido a Galicia para asistir a un Congreso que debía celebrar el POUM gallego. Justamente Galicia en su conjunto cayó desde el inicio bajo el control del ejército insurrecto. Maurin intentó pasar clandestinamente a Cataluña, pero al encontrarse en Aragón, en concreto cerca de Jaca, fue reconocido por un policía que lo había detenido, y de manera inmediata volvió a ser detenido. Hoy sabemos ya que si no fue fusilado fue por la intervención de un pariente suyo, Ramón Iglesias Navarri, capellán castrense en el ejército de Franco, que evitó su ejecución sumaria.
El día 5 de diciembre de 1937 ingresaba en la prisión de Salamanca, «a disposición del Asesor Jurídico del Cuartel de S.E. el Generalísimo «. Permaneció en la prisión de Salamanca hasta el 5 de mayo de 1942 y si hemos de creer la «Hoja disciplinaria» de la cárcel el 2 de diciembre de 1939 -ya hacía unos meses que había terminado la guerra civil- pasaba a depender del «Excmo. Sr. Director General de Seguridad». Era un detenido, pues, gubernativo. Unos meses más tarde, sin embargo, el 15 de mayo de 1940 se le ponía a disposición del Ministro de la Gobernación, «sin cuya Autorización no podrá ser puesto en libertad», y no fue hasta el día 13 de octubre de 1941 cuando fue puesto a disposición de la Autoridad Judicial Militar. Se le acusaba del delito de «inducción a la rebelión». Enseguida fue el Juzgado Militar nº 11 Bis de Barcelona quien se le colocó a su disposición solicitando que fuera trasladado a la cárcel celular de Barcelona. Y así fue cuando el día 5 de mayo de 1942 fue entregado a la guardia civil para ser conducido hasta Barcelona. En la «Hoja» mencionada, en el apartado dedicado a las correcciones o castigos y méritos contraídos, figura con mayúsculas “HA OBERVADO MUY BUENA CONDUCTA.
De hecho en Barcelona quedó pocos meses. Había llegado el día 14 de mayo de 1942 y el 8 de diciembre del mismo año la Dirección General de Prisiones ordenaba que fuera trasladado a la Prisión Central de Burgos, donde llegó dos días más tarde. Y de manera inmediata -según el oficio firmado por el director de la prisión de Burgos- era ingresado al «Departamento Especial de peligrosos». Permaneció en la Prisión de Burgos hasta el 29 de febrero de 1944. En el transcurso de los más de catorce meses que permaneció, el expediente penal recoge en el apartado de «vicisitudes penales y Penitenciarias», la actuación del Gabinete de Censura Gubernativa de Burgos cada vez que escribía a su mujer, Jeanne Lifschitz, que entonces ya residía en Nueva York, y también las cartas que escribía a su madre, residente en Francia. La situación cambia cuando en fecha 28 de febrero de 1944 a través de una orden telegráfica de la Superioridad se dispone su traslado a la prisión celular de Barcelona a disposición del Juez Militar Eventual nº 10. Y al día siguiente, la guardia civil lo traslada de nuevo a Barcelona.
En la primera página de su Expediente procesal de la Prisión Celular de Barcelona, constan, como sucedía siempre, sus datos personales: entonces Maurin ya tenía 48 años, y dejaba bien claro que ingresaba por 2ª vez, el día 8 de marzo de 1944 a disposición del Juzgado Militar Eventual nº 10. Finalmente, el día 10 de agosto de 1944 es entregado a la fuerza pública para asistir al Consejo de Guerra que ese mismo día lo condenó a Reclusión Perpetua (que en aquellos momentos significaba 30 años de reclusión mayor). La pena le fue impuesta por el delito de auxilio a la rebelión, y se extinguiría el día 4 de septiembre de 1967, por abono de los 7 años y 22 días de prisión preventiva que ya había sufrido.
Cabe decir que no cumplió tantos años. Curiosamente, ya el 12 de octubre de 1944 aparece en su expediente que se solicitan informes a las Juntas Provinciales de Libertad Vigilada de Barcelona y Huesca a efectos de conseguir la libertad condicional. Era un momento, cabe señalarlo, que se estaba terminando la Segunda Guerra Mundial, y el régimen franquista debía frenar abiertamente la represión que estaba llevando a cabo. A la hora de la verdad, sin embargo, pasarían todavía casi dos años hasta que le fuera concedida: Fue el 1 de octubre de 1946 cuando, finalmente, se le concedió la libertad condicional, designando la posibilidad de trasladarse en Madrid. Aquí quedó poco tiempo, porque en 1947 se trasladó a París y de allí a Nueva York donde se reencontró con su compañera Jeanne, a quien no había visto desde 1936.
En 1974 -Maurín había fallecido un año antes- se publicó en México su libro En las Prisiones de Franco, donde recogía de manera novelada sus recuerdos de su estancia en las cárceles.